Журнал «Прикладная информатика» является преемником одноименного сборника, выпускавшегося с 1981 года издательством «Финансы и статистика». Журнал является рецензируемым изданием, редакционный и авторский коллектив которого охватывает значительную часть научного IT-пространства России. Журнал с 2006 года входит в состав учредителей ряда международных и всероссийских конференций, а также оказывает оргкомитетам информационную поддержку в проведении таких мероприятий. Решением Президиума Высшей аттестационной комиссии Министерства образования и науки РФ от 19 февраля 2010 года № 6/6 научно-практический журнал «Прикладная информатика» вошел в Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертации на соискание ученой степени доктора и кандидата наук. Тематика публикаций журнала связана с теоретическими и прикладными аспектами применения компьютерного моделирования и информационных технологий в различных областях профессиональной деятельности.