Настоящая работа посвящена вопросам методологии разработки стратегий развития субъектов РФ. В работе развивается понятие социально-экономической системы региона на основе интерпретации применительно к региональным социально-экономическим системам результатов современных исследований по теории систем Г.Клейнера и А.А. Зарнадзе а также работ классиков общей теории систем Л.фон Берталанфи С. Бира Е. Майминаса У. Эшби и других. В основе предлагаемой методологии разработки региональных стратегий лежит понятие целереализующей системы. Высказывается положение что предметом стратегического планирования региона является определение путей решения проблем развития целереализующих систем. Предлагается методология анализа последних а также проблемных ситуацций в их развитии на основе принципа декомпозиции сложных систем. Предлагается принцип структуризации стратегий и разработки целевых программ их реализации. На этой основе предлагаются механизмы управления процессами реализации стратегии на основе целевого и проблемного подхода.